Werden beim Update die "config"-Dateien überschrieben?

Nein.

Das Setup ist so eingestellt, dass Konfigurationsdateien bei einem Update nicht überschrieben werden, damit eigene Einstellungen nicht verloren gehen. 

In dem Ordner Ihrer KAVDI Installation befinden sich ein Ordner Inst-Org-Dateien. Von uns veränderte Konfigurationsdateien (z.B. Projektvorlagen) werden hier abgelegt. Möchte man unsere angepassten Dateien verwenden, muss man die Dateien von hier in das installierte config-verzeichnis kopieren. Erst damit würden büroeigene Einstellungen überschrieben werden.